Bei bestimmten Erkrankungen geben molekulargenetische Untersuchungen Anhaltspunkte für die Prognose und Therapie.
Zu diesen Erkrankungen zählen das Mammakarzinom, das Magenkarzinom und das hereditäre nicht Polypose-assoziierte Kolonkarzinom. Vor der Durchführung der eigentlichen molekulargenetischen Untersuchung können hier immuhistochemische Untersuchungen durchgeführt werden, die aufgrund ihres Ergebnisses entweder eine nachfolgende molekulargenetische Untersuchung bedingen (Mamma- und Magenkarzinom) oder einen ersten Hinweis auf eine zugrunde liegende genetische Veränderung bieten (hereditäres nicht Polypose-assoziiertes Kolonkarzinom HNPCC).